System pompy ciepła ze źródłem wody różni się od systemu pompy ciepła ze źródła gruntu tym, że jest to obieg otwarty, w którym woda ze studni wykorzystuje się do ogrzewania lub chłodzenia domu. Latem odprowadzi ciepło z domu do wody, a zimą przekaże ciepło z wody do domu.

W ciągu ostatnich kilku lat powszechne były pętle systemu pomp ciepła z otwartym źródłem wody, ale po pewnym okresie eksploatacji dominuje obecnie pętla z zamkniętą glebową pompą ciepła. Wynika to częściowo ze znacznego udoskonalenia technologii systemu gruntowych pomp ciepła, a częściowo z problemów środowiskowych i geologicznych związanych z nadmiernym wykorzystaniem wodnych pomp ciepła na niektórych obszarach. Jak dotąd system wodnej pompy ciepła jest nadal dobrym wyborem, jeśli pomyślnie przejdziesz ocenę EIA i uzyskasz pozwolenie na dostawę wody.

Z biegiem czasu wymiennik ciepła wodnej pompy ciepła wymaga czyszczenia, ale zwiększa to koszty późniejszego użytkowania. Od wymaganej częstotliwości czyszczenia zależy dostępność takich studni. W większości przypadków najlepiej jest zastosować zamkniętą pętlę pompy ciepła ze źródłem wody, aby zmniejszyć niedogodności związane z czyszczeniem pętli pompy ciepła ze źródłem wody.

Koszt pompowania studni wpływa również na dostępność systemu pompy ciepła ze źródłem wody. Głównym kosztem pompowania wody ze studni jest jej podnoszenie do głównej maszynowni pod działaniem pompy wodnej. W tej chwili istnieje zapotrzebowanie na moc pompy. Jeśli woda w studni jest głęboka, a odległość duża, moc pompy jest większa; w przeciwnym razie tym mniejszy przepływ. Oprócz mocy pompy jest jeszcze koszt pompy. Stabilna i wydajna pompa też będzie sporo kosztować.