Twarda woda zawiera duże stężenia wapnia, magnezu i innych soli mineralnych, które po podgrzaniu i odparowaniu mogą tworzyć osady kamienia na powierzchniach wymienników ciepła skraplacza chłodzonego wodą. Z biegiem czasu kamień ten działa jak bariera izolacyjna pomiędzy wodą chłodzącą a metalowymi powierzchniami skraplacza, co pogarsza efektywność wymiany ciepła. W miarę gęstnienia kamienia potrzeba więcej energii, aby osiągnąć ten sam efekt chłodzenia, co prowadzi do zmniejszenia wydajności systemu, wyższych kosztów operacyjnych i zwiększonego zużycia systemu. Nagromadzenie kamienia może również prowadzić do zmniejszenia przepustowości skraplacza, co skutkuje wyższymi ciśnieniami i temperaturami. Aby przeciwdziałać tym efektom, w wielu skraplaczach chłodzonych wodą stosuje się zmiękczacze wody, które usuwają jony wapnia i magnezu, lub środki chemiczne zapobiegające osadzaniu się kamienia, aby zapobiec tworzeniu się kamienia.

Jakość wody o ekstremalnym poziomie pH (zbyt kwaśnym lub zbyt zasadowym) może prowadzić do korozji metalowych elementów skraplacz chłodzony wodą . Woda o niskim pH (kwasowa) może powodować utlenianie powierzchni metalowych, prowadząc do rdzy i osłabienia integralności strukturalnej skraplacza, natomiast woda o wysokim pH (alkaliczna) może powodować korozję alkaliczną, która niszczy powierzchnie metalowe. Obecność chlorków, często występujących w wodzie morskiej lub przemysłowej wodzie chłodzącej, może przyspieszyć korozję wżerową, prowadząc do miejscowych uszkodzeń. Aby zapobiec korozji, wodę należy uzdatniać w celu utrzymania optymalnego zakresu pH, zwykle od 7 do 8,5, który jest idealny do zapobiegania korozji zarówno kwasowej, jak i zasadowej. Inhibitory korozji, takie jak fosforany, związki cynku lub krzemiany, są powszechnie stosowane w połączeniu z regularnymi badaniami wody, aby upewnić się, że jakość wody mieści się w tolerowanych granicach.

Źródła wody zawierające osady, brud lub inne cząstki stałe mogą prowadzić do zatykania i blokowania rurociągów skraplacza chłodzonego wodą i systemów wymienników ciepła. Te cząstki stałe mogą utrudniać przepływ wody, zmniejszając jej zdolność do odprowadzania ciepła ze skraplacza. Zmniejszony przepływ zwiększa ciśnienie wewnątrz skraplacza i zmniejsza jego ogólną wydajność chłodzenia. Z biegiem czasu gromadzenie się osadu może prowadzić do zużycia ściernego elementów wewnętrznych, co dodatkowo zwiększa potrzeby w zakresie konserwacji i ryzyko awarii. Aby złagodzić te problemy, w punktach wlotu wody zwykle instaluje się systemy filtracyjne lub filtry siatkowe, które wyłapują duże cząstki przed ich wejściem do skraplacza. Systemy te są przeznaczone do usuwania piasku, mułu i innych zawieszonych ciał stałych, które mogłyby uszkodzić elementy wewnętrzne lub obniżyć wydajność.

Biofouling występuje, gdy mikroorganizmy, takie jak bakterie, algi i grzyby, gromadzą się na powierzchniach wymiany ciepła skraplacza. Pozostawione bez kontroli mikroorganizmy te mogą tworzyć biofilm, który działa jak warstwa izolacyjna, która znacznie utrudnia przenoszenie ciepła. Biofilm sprzyja również korozji i zatykaniu, co jeszcze bardziej zmniejsza wydajność systemu. Biofouling występuje częściej w systemach wykorzystujących wody powierzchniowe (rzeki, jeziora lub wodę morską), które zawierają większą ilość materiału organicznego. Rozwój glonów jest szczególnie problematyczny, ponieważ może blokować przepływ wody i prowadzić do zwiększonego zużycia energii, ponieważ system kompensuje zmniejszoną wydajność wymiany ciepła. Aby zwalczać osady biologiczne, systemy uzdatniania wody często zawierają chemiczne środki biobójcze (takie jak chlor, brom lub związki na bazie miedzi), które zabijają mikroorganizmy, zanim zdążą utworzyć biofilm. Obróbka światłem ultrafioletowym (UV) to kolejna przyjazna dla środowiska opcja zapobiegania rozwojowi drobnoustrojów.